ポイントは、実際の交通費が1,000円未満か、以上か、という点です。

① 1日あたりの通勤実費が1,000円未満　→　源泉徴収が必要
　　実際の通勤費を超える部分について課税されます。そのため、源泉徴収が必要になります。

② 1日あたりの通勤実費が1,000円以上　→　源泉徴収は不要
　　通勤実費が1,000円以上で、1ヶ月あたりの非課税限度額が
　　150,000円を超えていなければ、全額非課税となり、源泉徴収は不要です。

　非課税となる限度額は、通勤のための運賃・時間・距離等の事情に照らして、最も経済的かつ合理的な経路および方法で通勤した場合の通勤定期券などの金額です。
新幹線鉄道を利用した場合の運賃等の額も「経済的かつ合理的な方法による金額」に含まれますが、グリーン料金は含まれません。
また、パートやアルバイトなど短期間雇い入れる人についても、月を単位にして交通費を計算します。